Je trojnásobným atlétom Slovenska, štartoval na dvoch olympijských hrách – v Sydney 2000 a Pekingu o osem rokov neskôr. Osobný rekord v hode guľou si vytvoril v Turnove, keď vrhol 20 metrov 87 centimetrov. Krátko pred hrami v Aténach mu našli v tele zakázanú látku, na základe čoho dostal dvojročný dištanc. K vrcholnej atletike sa vrátil, no 21. júna 2010 mal Milan Haborák na mimosúťažnej kontrole pozitívny test na metabolity anabolického steroidu stanozolol. Keďže išlo o jeho druhé previnenie sa proti dopingovým pravidlám, automaticky nasledoval doživotný zákaz akejkoľvek športovej činnosti.