Vilém Prečan se narodil 9. ledna 1933 v Olomouci svobodné matce. Dětství strávil na moravském venkově, v roce 1945 se s maminkou a jejím druhým manželem přestěhovali do Brna. Rodiče během války působili v komunistickém odboji a pamětník byl v poválečných letech také zapáleným komunistou. Na gymnáziu se stal krajským svazáckým předákem a v roce 1951 vstoupil do KSČ. Po maturitě odešel studovat historii a politické vědy do Prahy. Po absolvování byl v roce 1956 na umístěnku přidělen do Bratislavy. Zde se seznámil se svojí budoucí ženou Helenou a také s Milanem Šimečkou. XX. sjezd KSSS a zde zahájený proces destalinizace pro něj znamenaly velký otřes. V letech 1957 a 1970 působil v Historickém ústavu Čs. akademie věd, kde se zabýval především problematikou Slovenského národního povstání. Počátkem 60. let začal i díky možnosti cestovat do zahraničí kriticky nahlížet oficiální historiografii. Na jaře 1968 se aktivně účastnil otevřené veřejné debaty. Po invazi vojsk Varšavské smlouvy spoluinicioval vydání tzv. Černé knihy mapující klíčové dny. Za to byl po začátku normalizace trestně stíhán a v roce 1970 vyhozen z práce. Pracoval poté jako dělník v motolské nemocnici a jako šatnář v nočním podniku. Roku 1976 se s rodinou rozhodl emigrovat do Německa. V exilu spolupracoval například s Karlem Schwarzenbergem, Pavlem Tigridem, Jiřím Pelikánem a Ivanem Medkem a mj. podporoval šíření Charty 77 a samizdatové literatury. Po roce 1989 zakládal a vedl Ústav pro soudobé dějiny. Je členem vědecké rady Ústavu pro studium totalitních režimů.