Vysoká autonomie škol se projevuje třeba tím, že neexistují pravidla pro hodnocení škol ze strany zřizovatele. „V celém systému není nikdo, kdo by garantoval kvalitu vzdělávání za větší územní celky. Tím, že nikdo nekontroluje kvalitu škol, může docházet ke koncentraci problémů v určitých školách, kde se akumulují žáci s horším prospěchem nebo s horším rodinným zázemím a podobně,“ upozorňuje sociolog Tomáš Dvořák, jeden z autorů zmíněné studie. V důsledku toho se prohlubují rozdíly mezi jednotlivými regiony a školami.